BoerenNatuur Utrecht Oost is een samenwerkingsverband van zes partijen. Deze zes partijen hebben de coöperatieve vereniging opgericht en dragen bestuursleden voor die door de algemene ledenvergadering benoemd kunnen worden. De samenwerkingspartners zijn:
ANV Noorderpark
ANV Kromme Rijnstreek
ANV Vallei Horstee
ANV Binnenveld
LTO Noord
Utrechts Particulier Grondbezit
Het bestuur van het collectief bestaat uit leden van deze partijen, waarbij elke organisatie vertegenwoordigd is. Het bestuur bepaalt de strategie, neemt organisatorische en financiële besluiten en legt verantwoording af aan de leden. De medewerkers van het collectief zorgen voor de uitvoering van de werkzaamheden. De veldcoördinatoren beschikken over ecologische kennis, indien nodig worden externe specialisten ingeschakeld. Vaste partners daarbij zijn Bureau Viridis en ecoloog Celine Roodhart.
BoerenNatuur Utrecht Oost is gecertificeerd door de landelijk Stichting Certificering SNL. In een kwaliteitshandboek is de organisatie en de werkwijze van het collectief volledig beschreven. Hierin staat bijvoorbeeld hoe het collectief controleert of het beheer door de delenemers goed wordt uitgevoerd en hoe de uitbetaling plaatsvindt. De Stichting Certificering SNL controleert via externe audits of het collectief de werkzaamheden correct uitvoert. Bij de laatste audit in 2022 is alles akkoord bevonden en is de certificering verlengd.
